Il fagotto deve essere pulito con cura dopo ogni utilizzo, come ogni strumento a fiato. Durante l'esecuzione è impossibile evitare che una certa quantità di acqua si depositi tra le chiavi e sul legno: potrai rimuoverla facilmente con un panno morbido. Le pareti interne della esse, dell'aletta e del gran corpo soffrono particolarmente la condensa. Per asciugarne le camere insieme alla culatta, si ricorre a dei panni speciali in pelle scamosciata (dotati di cordicella di recupero); si utilizzano invece speciali scovolini per la esse. Quanto al gran corpo e alla campana, opta per le setole morbide di uno scovolino simile a quello utilizzato per le bottiglie. Di tanto in tanto dovresti anche pulire la meccanica delle chiavi con un panno adatto alla pulizia dell'argento.